（五）改进项目计划审批方式
1、国家农发办继续审批各省（区、市）土地治理项目计划，但要进一步简化审批内容。国家农发办审批少数重点产业化经营项目计划，其他产业化经营项目计划由省级农发办审批并报国家农发办备案。
2、规范项目计划的调整事项。各级农发办事机构要切实加强项目可行性研究和评估论证工作，避免项目的调整、变更和终止等事项。如在建设期内确需调整项目计划，须按规定报经批准，由国家农发办评审的或项目财政资金超过规定额度的项目计划调整，需报国家农发办批准；由省级评审的需报省级批准并办国家农发办备案。确需调整的项目计划，最晚应在项目立项的次年6月底之前报国家农发办审批或备案，严禁随意或无限期地调整项目计划。
（六）完善项目监管
制定并推行项目招投标制、工程监理制、项目和资金公示制、法人负责制，加强项目效益监测，利用社会中介机构（如会计师事务所）参与项目检查、验收。完善建后工程管护制度，明确产权主体和利益主体，确保工程长期发挥效益。
（七）规范资金管理
进一步完善财政资金分配的综合因素法。各级农发办都要加强对下一级农发办工作绩效的考核，将财政资金的投入与工作绩效考核情况挂钩，向工作先进地区倾斜。严格对农业综合开发资金实行专人管理、专帐核算、专款专用。严格推行规范的县级报帐制。从2004年起，对不实行县级报帐制的项目县，取消其项目县资格。总结部分省（区、市）委托银行放款试点的经验，改进和完善委托放款的办法，进一步扩大试点范围。建立农业综合开发资金违纪违规资金处罚制度。
六、创新农业综合开发机制
适应社会主义市场经济和公共财政管理体制的要求，按照“国家引导、配套投入、民办公助、滚动开发”的原则，引入市场机制，利用市场手段，充分调动广大农民及社会各界参与农业综合开发的积极性，真正建立以农民为主体、政府辅助和引导、社会各方参与的运行机制。
（一）完善以农民为主体的机制
土地治理项目的确立，要以“农民要办”为前提，充分尊重农民的意愿，采用民主的方法，多与农民商量，努力把一家一户农民想办但办不了、办不好的事情，办实办好，让农民得到看得见、摸得着的利益。产业化经营项目的确立，要以能带动农民增收为前提，让更多的农民从中受益。农业综合开发项目建设，要更多地吸收农民工参与，增加农民的就业机会。项目和资金的管理，要实行公示制，自觉接受项目区农民群众的监督。
