认证不符、密文有误专用发票金额在十万元（含）以上的，须随时报告总局，同时逐级抄报省局；并按税务稽查规程立即查处。查处进展情况随时报告总局，同时逐级抄报省局。
（二）协查系统自动将比对不符、缺联、失控、作废、重号、红字抵扣联缺专用发票组织协查结果信息，反馈给稽核系统。
第十二条 受托方完成实地协查工作以后，人工录入受托回复信息。受托回复信息类型与第六条委托发出信息类型相对应，具体内容包括：稽核结果信息、协查结果信息。
第十三条 委托方、受托方对协查信息、相关文书进行管理，并根据需要分别打印：
（一）《增值税专用发票协查函》或《已证实虚开的增值税专用发票通知单》；
（二）《增值税专用发票协查回复函》；
（三）《案件协查基本情况表》；
（四）《增值税专用发票清单》；
（五）《协查处理单》；
（六）《协查进行表》；
（七）《增值税专用发票明细清单》；
（八）《增值税专用发票调查结果清单》；
（九）《委托协查台账》；
（十）《受托协查台账》。
第十四条 各级国家税务局稽查局须根据各类统计表进行协查动态监控分析，各类统计表和报表由协查系统自动生成。
根据“认证系统提供案源情况统计表”、“金税稽核系统提取协查案源情况统计表”、“征管稽核系统提供协查案源情况统计表”和“认证不符和密文有误增值税专用发票协查结果统计表”、对协查案源的准确性进行分析，并于每月30日上报上月的协查分析情况报告。
第十五条 统计监控信息是上级对下级协查工作进行监控管理的依据。统计监控信息包括：委托信息的统计监控、受托回复信息的统计监控、各级协查成果的统计监控。
（一）委托信息的统计监控。主要是对委托方专用发票委托协查准确率进行统计监控，并据此进行委托协查效率分析。
（二）受托回复信息的统计监控。主要是对受托方专用发票受托回复率进行统计监控，并据此进行受托协查效率分析。
（三）各级协查成果的统计监控（按照一定的时间范围进行）。主要内容包括：委托协查专用发票数量、委托协查回复率、委托协查专用发票准确率、受托方查补税款入库率、委托方罚款入库率、委托方滞纳金入库率、委托方没收非法所得入库率、受托协查专用发票数量、受托协查回复率、受托协查专用发票准确率、受托方查补税款入库率、受托方罚款入库率、受托方滞纳金入库率、受托方没收非法所得入库率。
