（二）会计机构。农民专业合作社根据自身规模和业务繁简需要，可以选择是否设置单独的会计机构；不单独设置会计机构的，可在专业合作社有关机构中设置会计人员并指定会计主管人员，负责本社的会计工作；对于不具备设置会计机构和会计人员条件的，也可以本着民主、自愿的原则，委托从事会计代理记账业务的中介机构代理记账。需要特别指出的是，任何部门不得违背农民专业合作社的意愿，强制代理记账或者指定代理记账机构。
（三）会计核算。《农民专业合作社财务会计制度》设置了资产类、负债类、所有者权益类、成本类、损益类共37项会计科目，这些会计科目多数与企业的会计科目相同，容易理解和掌握。但是，针对农民专业合作社法人的特殊性，《农民专业合作社财务会计制度》还设置了农民专业合作社特有的会计科目，如应付盈余返还、股金等。在会计报表方面，除了编制传统的资产负债表、盈余及盈余分配表外，还专门要求编制成员权益变动表和成员账户。
（四）会计监管。
《会计法》第
七条明确规定，国务院财政部门和县级以上地方各级人民政府财政部门是会计工作的主管部门。《
农民专业合作社法》第
三十二条明确规定，“国务院财政部门依照国家有关法律、行政法规，制定农民专业合作社财务会计制度”。《农民专业合作社财务会计制度》总则第（八）项规定，“财政部门依照《
中华人民共和国会计法》规定职责，对合作社的会计工作进行管理和监督”。因此，财政部门是农民专业合作社会计工作的法定监管机关，除此以外，任何单位和个人都无权对农民专业合作社的会计工作进行管理和监督。
二、贯彻执行《农民专业合作社财务会计制度》需要做好的几项工作
各级供销合作社要以《农民专业合作社财务会计制度》的实施为契机，进一步提高和完善对农民专业合作社建设和发展的指导、协调与服务，切实促进农民专业合作社完善财务制度，依法进行会计核算，切实加强自身的财务管理。
