财政部对交通部报送的资金使用申请，从是否符合财政预算、是否超出车辆购置税收入中可用于交通专项资金支出的国库余额、是否超出专员办审核同意的用款数额方面复核无误后，即向代理支付银行发出拨款指令。代理支付银行根据财政部的拨款指令，将资金直接拨付到用款单位在当地银行开设的账户。
（四）相关部门和单位的职责
财政部负责批复交通部年度交通专项资金支出预算；复核交通专项资金使用申请，签发拨款指令，通知代理支付银行拨付资金；负责选择代理支付银行；与有关部门共同对资金申请和使用情况进行监督管理。专员办对省级交通主管部门提出的交通专项资金使用申请进行审核并签署意见。
交通部负责按项目编报交通专项资金年度支出预算，转复财政预算；审核汇总各省级交通主管部门报送的资金使用申请，根据相关情况进行统一平衡，向财政部报送资金使用申请；与有关部门共同对资金申请、使用情况进行监督管理。省级主管部门负责转复交通部转复的财政预算；审核汇总全省项目交通专项资金使用申请，提出本省用款申请；负责督促项目配套资金及时到位并投入使用；负责对资金使用情况进行监督管理；负责监督项目工程进度和质量。
用款单位根据财政预算等提出交通专项资金使用申请；对资金按项目单独核算管理；组织项目配套资金及时到位并投入使用；负责工程进度和质量的落实；按省级交通主管部门和专员办的要求提供有关材料。
代理支付银行根据财政部的拨款指令拨付资金，及时传送、反馈资金拨付信息。
四、实施时间、范围和需要做好的有关工作
交通专项资金实行财政直接拨付，是对财政资金拨付方式的一项改革。第一步，自2001年1月1日起，先在黑龙江、江苏、海南、云南、山西省和新疆维吾尔自治区实施；第二步，在总结经验的基础上，在全国范围内实施。
为了保证本方案的顺利实施，有关部门要加强协调，密切配合，抓紧做好实施前的有关准备工作。包括对有关部门（单位）的相关人员进行培训，使其尽快熟悉交通专项资金实行财政直接拨付的操作办法；有关部门（单位）的工作细则及与其他部门（单位）业务相互衔接的具体办法；有关部门（单位）内部必需的各项业务准备工作；代理支付银行资金拨付操作规程及信息传送、反馈等相关制度的制定等。
交通专项资金实行财政直接拨付的管理办法由财政部另行发布。
