纳税人按照实际转让收入与实际成本计算出的应纳税额，与证券机构预扣预缴税额有差异的，纳税人应自证券机构代扣并解缴税款的次月1日起3个月内，持加盖证券机构印章的交易记录和相关完整、真实凭证，向主管税务机关提出清算申报并办理清算事宜。主管税务机关审核确认后，按照重新计算的应纳税额，办理退（补）税手续。纳税人在规定期限内未到主管税务机关办理清算事宜的，税务机关不再办理清算事宜，已预扣预缴的税款从纳税保证金账户全额缴入国库。
（2）证券机构技术和制度准备完成后新上市公司的限售股，按照证券机构事先植入结算系统的限售股成本原值和发生的合理税费，以实际转让收入减去原值和合理税费后的余额和20%税率，计算并直接扣缴个人所得税额。
纳税人同时持有限售股及该股流通股的，其股票转让所得，按照限售股优先原则，即：转让股票视同为先转让限售股，按规定计算缴纳个人所得税。
例：证券机构技术和制度准备完成前，某人持有某股票的10万股限售股，原始取得成本为10万元。该股股权分置改革后于2006年12月28日复牌上市，当日收盘价为12元。2009年底，某人持有的限售股全部解禁可上市流通。2010年1月18日，某人将已经解禁的限售股全部减持，合计取得转让收入100万元，并支付印花税、过户费、佣金等税费2000元。
按照该政策规定，某人减持限售股，采取证券机构预扣预缴、纳税人自行申报清算的方式征收。
（1）证券公司预扣预缴
应纳税所得额＝限售股转让收入-（限售股原值＋合理税费）
＝股改限售股复牌日收盘价×减持股数-股改限售股复牌日收盘价×减持股数×15%
＝12元/股×10万股-12元/股×10万股×15%
＝102万元
应纳税额＝应纳税所得额×税率＝102×20%＝20.4万元。
（2）某人的自行申报清算
应纳税所得额＝限售股转让收入-（限售股原值＋合理税费）
＝限售股实际转让收入-（限售股原值＋合理税费）
＝100-（10＋0.2）
＝89.8万元
应纳税额＝应纳税所得额×税率＝89.8×20%＝17.96万元。
应退还的税款＝已扣缴税额-应纳税额
＝20.4-17.96＝2.44万元
5、问：本次政策调整前，我国对股票转让所得的个人所得税政策是如何规定的？
答：我国对个人转让上市公司股票所得一直暂免征收个人所得税。1994年1月1日起实施的
个人所得税法明确对“财产转让所得”征收个人所得税，适用税率为20%。
个人所得税法实施条例规定股票转让所得具体征税办法由财政部制定，报国务院批准后执行。考虑到当时我国证券市场发育还不成熟，经国务院批准，对股票转让所得暂不征收个人所得税。因此，2009年12月31日前，我国股票转让所得个人所得税政策为：个人转让上市公司的股票所得暂免征收个人所得税。转让非上市公司的股份所得，按“财产转让所得”项目征收20%的个人所得税。
