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关于核两用品及相关技术出口许可所遵循的准则，在原条例规定的接受方应当保证不将中国供应的核两用品及相关技术用于核爆炸目的或者用于未接受国际原子能机构保障监督的核设施，以及未经中国政府允许，不将中国供应的核两用品及相关技术向第三方转让的基础上，进一步明确规定，接受方保证不将中国供应的核两用品及相关技术或者其任何复制品用于核爆炸目的以及申明的最终用途以外的其他用途，或者用于未接受国际原子能机构保障监督的核燃料循环活动；未经中国政府允许，不将中国供应的核两用品及相关技术或者其任何复制品向申明的最终用户以外的第三方转让。
“全面控制”原则是核供应国集团出口控制准则和我国防扩散出口管制政策的基本要求。据此，这次修改增加了“全面控制”条款，规定出口经营者知道或者应当知道，或者得到商务部通知，其所出口的设备、材料、软件和相关技术存在核扩散风险或者可能被用于核恐怖主义目的的，即使该设备、材料、软件和相关技术未列入《管制清单》，也应当依照本条例的规定执行。
此外，这次修改还明确了核两用品及相关技术从海关特殊监管区域、保税监管场所出口，适用本条例。核两用品及相关技术的过境、转运、通运，也要参照本条例的规定执行。
根据核两用品及相关技术出口管制工作的实际需要，补充、完善了加强监督管理的制度、措施
在加强监督管理方面，这次修改时增加了“为维护国家安全以及国际和平与安全，国家对核两用品及相关技术出口可以采取任何必要的措施”的内容。同时，确立了海关质疑制度，并增加了出口经营者的自律规范。
海关质疑制度，是指海关可以对出口经营者出口的设备、材料、软件和相关技术是否需要办理核两用品及相关技术出口许可证件提出质疑，并可以要求其向商务部申请办理是否属于核两用品及相关技术出口管制范围的证明文件；属于核两用品及相关技术出口管制范围的，出口经营者应当依法申请取得核两用品及相关技术出口许可证件。
出口经营者的自律规范，主要包括建立、健全核两用品及相关技术出口的内部控制机制，在不少于5年的期限内妥善保存有关合同、发票、单据、业务函电等资料。
为了及时调查、制止涉嫌违反本条例规定的行为，明确了商务部以及有关部门调查、制止涉嫌违法行为的职权以及可以采取的措施，并规定有关单位和个人应当予以配合、协助。
此外，根据核两用品及相关技术出口管制工作的实际需要，规定商务部组织有关方面的专家组成核两用品及相关技术出口管制咨询委员会，承担核两用品及相关技术出口管制的咨询、评估、论证等工作。
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