此案双方争议的核心问题是1858年《限制条约》第6条，该条约是用西班牙文缔结的。笔者根据国际法院翻译的英文版，将该条翻译为如下中文：“尼加拉瓜共和国应对圣胡安河流水域从其源头到通向大西洋的出口享有专属的管辖权和主权；而哥斯达黎加在该河流的出口到Castillo Viejoxia下游之间的水域，为商业目的（con objetos de commercio）享有自由航行的永久权利，……两国的船舶可以无歧视地在共同航行的此段河流的两岸任何一边停靠，并无须交税，除非双方政府另有协议。”
其中双方争议最大的是“con objetos de commercio”措辞的含义解释问题。尼加拉瓜认为，这一表述翻译成法文是“avec des machandises de commerce”，而英文是“with articles of trade”（有关货物贸易）。简言之，这里的“objetos”指的是具体和物质意义上的。依此理解，《限制条约》第6条所保证的哥斯达黎加的自由航行权只涉及旨在进行商业交易的货物运输。与之相反，哥斯达黎加认为，这一表述在法文中是“á des fins de commcerce”，而英文是“for the purposes of commerce”，从而原始文本中的“objetos”指的是抽象意义上的目的和目标。因此，该条约给予它的航行自由必须尽可能地从广义上来理解，且无论如何，不仅包括货物运输，还包括旅游者在内的旅客运输。[7]
为此，国际法院首先确认它必须依照1969年《维也纳条约法公约》第31条和第32条反映的习惯国际法来解释此案所涉及的条约规定，尽管尼加拉瓜不是《维也纳条约法公约》的缔约国，且作为此案法律依据的1858年《限制条约》的缔结要比《维也纳条约法公约》早得多。[8]紧接着，国际法院指出，尼加拉瓜的下述辩解是难以令人信服的，即哥斯达黎加的自由航行权应从狭义上去解释，因为这种航行权显示着对该条约赋予尼加拉瓜对该河流享有主权的一种限制，这正是该条约第6条确立的最重要原则。国际法院认为：“该条约第6条显示，缔约各国无意在尼加拉瓜对该河流的主权和哥斯达黎加的自由航行权之间确立任何的等级或层次，……尼加拉瓜的主权只有在其不妨碍哥斯达黎加在其管辖区域自由航行的情况下才得以确立。……自由航行权，尽管是‘永久的’，但只有在其不妨碍领土主权这一关键特权的前提下才被给予。”[9]
关于《限制条约》第6条使用的“con objetos de”措辞，其含义到底是哥斯达黎加所主张的“为了……的目的”，还是尼加拉瓜所坚持的“关于……货物”，对此，国际法院作出了如下分析和解释。
