（一）侦查、批捕、起诉、审判环节存在的冲突
通过公安机关自行指定管辖获得管辖权的公安机关在提请批准逮捕或者侦查终结需要移送起诉以及检察机关提起公诉时，有时会遇到报捕和审查起诉、提起公诉和审判之间衔接不畅，整个案件的诉讼程序无法进行。公安机关在向同级人民检察院提请批准逮捕、移送审查起诉时，如果检察院认定无管辖权，退回公安机关而不予受案，公安机关则面临案件移送的问题。即使检察机关接受案件，下一步在提起公诉时也可能会出现法院因未获得合法授权而不予受案的局面，这种情况下虽然检察机关也可以依法移送给有管辖权的检察机关来解决，但实践中往往是退回公安机关，移送工作仍然要由公安机关来完成。这不仅浪费了司法资源，而且犯罪嫌疑人的合法权益也可能得不到充分保障，犯罪嫌疑人可能在办案单位请示管辖的过程中被继续限制人身自由。同时，也会使案件诉讼程序不能顺利进行，从而导致案件久拖不决，犯罪分子得不到及时打击处理，影响打击效果。经侦局协调的案件中出现过一审已经做出有罪判决，二审因管辖权问题裁定撤销一审判决并将案件退回检察机关，后检察机关又将案件退回公安机关移送至有管辖权的公安机关处理的情况。
（二）侦查终结后移送案件中存在的问题
现行刑事诉讼法以审判制度为核心设计的管辖制度必然导致公安机关侦查的部分案件要移送给其他有管辖权的公安机关办理。公安机关自行指定管辖的案件，如经侦查不符合指定管辖的法定要件，也应将案件移送至有管辖权的公安机关办理。但移送案件往往涉及执法责任，由此造成了目前移送案件存在许多障碍。
一是两地公安机关在案件实体上可能有分歧。虽然有立案追诉标准，但我国地域辽阔，各地执行时还要参照各地经济发展水平、该类犯罪的严重程度等实际情况；此外，两地公安机关对法律的理解、对证据的审查判断等也不尽相同；另外，有时案件移送还受到地方保护主义、案外因素的影响。经侦局协调的案件中遇到过这样的案例：移出地公安机关侦查终结后，因管辖权原因检察机关公诉部门不接受案件，经侦局协调有管辖权的公安机关接受案件后，接受地公安机关经审查后将案件撤销。
二是两地公安机关对移送的时机意见不一致。对管辖不明的案件以及已开展工作的案件或上级公安机关指定管辖的案件，有时请求地公安机关认为已经侦查终结，仅因为管辖权的因素要求接受地公安机关移送审查起诉，而接受地公安机关则认为事实不清、证据不足，还需要继续补充侦查，甚至对是否成案尚存疑虑。
三是办案单位处置涉案财物引发的执法责任往往使接受地公安机关不愿接受移送。《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百二十条第二款规定，对被害人的合法财产及其孳息，应当在登记、拍照或者录像、估价后及时返还。可涉及案件移送时，接受地公安机关往往会因为原办案单位的返还行为是否妥当提出疑问并拒绝接受案件。
四是请求地公安机关在办理案件过程中往往对犯罪嫌疑人采取了强制措施，有的甚至已将强制措施时限用尽，接受地公安机关即使接受了案件，也往往因时间紧张而造成下步工作困难。
五是自行决定立案侦办的案件，按程序办理时遇到问题。办案地公安机关基于维护社会稳定、控制打击范围及其他地方利益的考虑，或者受到各方面的影响和干扰，不希望将案件移送到其他地公安机关办理，虽然明知没有管辖权也在当地政法委协调下自行决定立案，在遇到困难或需要将犯罪嫌疑人报请批准逮捕、移送审查起诉时再请求上级公安机关指定管辖。基于相同的理由，有的公安机关则明知有管辖权却拒不立案，直到其他公安机关立案后再报请上级公安机关协调移送。
