（二）涉及检察机关审查批准逮捕工作的指定管辖
涉及检察机关审查批准逮捕工作的指定管辖，目前法律、法规没有做出过详细规定。检察机关实践中的做法也不统一。
有部分省级检察机关认为，检察机关的审查批准逮捕工作是对公安机关侦查工作的监督，监督的内容既包括实体方面，也包括程序方面。因此，只要公安机关合法管辖案件，检察机关就应当开展审查批准逮捕工作。所以，只要上级公安机关做了指定管辖，不再需要上级检察机关再行指定。
还有部分省级检察机关认为，公安机关的指定管辖，只是公安机关内部的文件，效力不能及于检察机关。因此，必须要有上级检察机关的指定。
所以，在办理此类案件时，上级公安机关指定管辖后，因检察机关对管辖问题有不同意见而不批准逮捕，下级公安机关可能再次请求上级公安机关协调检察机关办理指定管辖。因公安机关办理刑事案件在检察机关批准逮捕前法定羁押时限较紧张，所以经侦局一般先行商请最高人民检察院指定审查批准逮捕，如需指定起诉、审判管辖，可以利用逮捕之后的时间再次商请检察机关。这类案件也需先办理以公安部名义的指定管辖通知（盖部印，经部办核、法核），然后以办公厅的名义附该通知商最高人民检察院。如最高人民检察院同意，则由其下发指定管辖通知（盖最高人民检察院印章）。也就是在检察机关批准逮捕和审查起诉两个环节要分别两次办理指定管辖工作。
（三）涉及人民检察院审查起诉、人民法院审判环节的指定管辖
此类指定管辖主要系专案工作需要或其他情况特殊的案件，也有的是公安机关经侦部门侦查工作中发现涉案犯罪嫌疑人其他犯罪，在检察机关提起公诉或人民法院审判阶段，提出案件需要指定管辖的。这类案件通常需先办理以公安部名义的指定管辖通知（盖部印，经部办核、法核），然后以办公厅的名义附该通知商最高人民检察院。如最高人民检察院同意，则由其商最高人民法院分别办理（盖两院印章）。指定审查起诉和审判管辖有的是检察机关起诉时提出；有的是人民法院在开庭前审理时提出。涉及人民法院指定审判管辖的案件，一般应由检察机关出面协商，专案工作中也有纪委出面统一协调的情况。另外，由公安机关致函人民法院直接协商指定管辖的情况也有，但它应该属于帮助检察机关说明情况的做法。
（四）最高人民法院拟在部分地方人民法院试点开展由知识产权审判庭集中审理知识产权民事、行政和刑事案件
根据2008年国务院发布的《国家知识产权战略纲要》关于“完善知识产权审判体制，优化审判资源配置，简化救济程序。研究设置统一受理知识产权民事、行政和刑事案件的专门知识产权法庭。”最高人民法院研究提出了《最高人民法院关于在部分地方人民法院试行由知识产权审判庭集中审理知识产权民事、行政和刑事案件的若干意见》，拟在部分地方人民法院试行由知识产权审判庭集中审理知识产权民事、行政和刑事案件，着力构建符合知识产权案件特点和审判规律的审判体制，适当集中专利等技术性较强案件的审判管辖权问题，以不断提高人民法院知识产权司法保护的整体效能，为各类知识产权提供全面有效的司法保护。但是，最高人民法院试点开展集中审理知识产权案件不仅涉及知识产权刑事案件审判管辖的变更，还涉及公安机关、检察机关的侦查、起诉工作，且知识产权刑事案件大多涉及地域犯罪问题，试点工作中可能会产生案件异地管辖、异地审判等问题。今年3月，公安部已建议最高人民法院、最高人民检察院和公安部就知识产权刑事案件的有关管辖问题达成一致意见予以明确后，再行开展试点工作，以保证刑事诉讼的顺利进行。
三、办理指定管辖工作中存在的问题
指定管辖制度涉及公安机关提请批准逮捕、移送审查起诉、检察机关提起公诉、法院审判管辖等诸多问题，由于目前相关司法解释和规定对指定管辖缺乏明确具体的规定，往往导致指定管辖的案件在侦查、批准逮捕、提起公诉、审判等程序方面衔接不畅，有时甚至发生冲突，给案件诉讼工作带来一定的困难。
