（1）行政指导立法相对滞后，没有统一的行政指导方面的实体性立法。
在我国行政指导实践中，有关行政指导的运行并没有统一的规范性依据，大多数有关行政指导的规范性依据散见于各单行法律、法规中。
例如：在
宪法层次上，我国现行《
宪法》第
8条第3款规定：“国家……鼓励、指导和帮助集体经济的发展。”第11条第2款规定：“国家通过行政管理，指导、帮助和监督个体经济。”
宪法修正案第
1条规定：“国家…对私营经济实行引导、监督和管理”等；在法律层次上，如《
中华人民共和国农业法》第
37条第2款规定：“国家鼓励和引导农民从事多种形式的农产品流通活动。”在行政法规层次上，如《中外合资经营企业实施条例》第6条第2款规定“：企业主管部门对合营企业负指导、帮助和监督的责任。[3]此外，在地方性法规、条例和规章等各层次规范性文件中也零星散有关于行政指导的规定。
由此可见，在我国的有关行政指导立法方面，不存在统一的行政指导方面的实体性立法，尤其是程序性立法几乎完全空白，而且，现有的这些规定大多数为倡导性的，比较原则、抽象，在理解上有很大的收缩性。因此，在实际运作中，行政主体由于没有统一、明确、具体的标准或规则可供遵守，其便有很大的自由活动空间，为与不为、为好与为坏则在很大程度上取决于行政主体本身了。
（2）行政主体对行政指导缺乏正确的认识，常常将行政指导异化为行政命令。[4]
如前所述，行政指导是一种柔性的、非强制性的行政管理方式，因此，行政指导的其中一个特征即为“自愿性”，也就是说，承受行政指导的行政相对人是否接受取决于其自愿，对行政指导行为不负有必须服从的义务。
但是，由于受传统的计划经济政策的影响，行政主体往往会有一种“高高在上”的优越感，因此，在实施行政指导时就不免会“摆官架子”，为维护“官家权威”，“顺我者昌，逆我者亡”便成了无可质疑的结果。例如，在农村，乡镇政府为了指导农民致富，动员农民种植某些经济作物，农民一旦不听指导时，乡镇政府就采取一些强制措施：如停止贷款、取消税收优惠、甚至强行铲除。[5]正如田中二郎所言：“实际上若不接受行政指导，就会遭受到某种制裁乃至其他不利待遇的可能。所以，绝大多数相对方是义不容辞地听从行政指导的。”[6]这样，所谓的行政指导也就异化成了行政命令。如此，行政指导也就没有了其存在的价值和意义。
