七、技术侦查手段不相配套。
当前经济生活中存在的假发票、假凭证、假单据、假文书泛滥，构成了涉税犯罪频发的土壤和肥料。尤其是众多增值税专用发票及其他发票案件中，其侦办的准确性和效率性受到制约，一个主要原因是鉴别技术、发票防伪侦查手段尚不成熟，除此各种鉴字、书写、印鉴、公章、凭证等财务书证的技术侦查与鉴别，也是当前侦办涉税案件需要解决的技术难题和捷径。
八、一些税务征管人员的参与加大了侦办的难度。
税收征管人员的主观愿望和素质如何，决定着税收作用的发挥程度，也决定着涉税案件侦办的难易程度。正如前文所述，税务机关移送案件问题，故意徇私舞弊，搞“以补代罚”、“以罚代刑”即以补缴税款代替罚款，以罚款代替刑事处罚，使得一些本应受到刑事追究的涉税犯罪逃脱了法律的制裁。更有甚者个别税务人员的参与，介入，甚至为犯罪分子出谋划策，相互勾结，或进行偷税方面的“技术指导”，或搞攻守同盟，或制定虚假纳税申报等税收完备手续，采取反侦查工作，由于税务人员充当保护伞，使得技术性强、隐蔽性强的涉税案件侦办起来更是困难重重，而查处其税务干部相应的渎职犯罪隶属于人民检察院侦查范围，同一税案中的相互脱节，使得公安的经侦（税侦）机关打击力度显得鞭长莫及，加大了涉税犯罪分子的有恃无恐。
九、涉案协调有待规范。
按照现行办理涉税犯罪案件的法律必备程序，对偷税额所占应纳税额的比例达到法定标准才能立案侦查乃至定罪量刑，而这里的“应纳税额”是指包含了国税、地税两项合计在内的全税种，因为目前我国实行国、地税分设的税收征管模式，而这两家机构又是平衡并列的，彼此没有隶属及管辖的关系，这样涉案税额计算认定时，国税的不管地税的数额，地税的无法包容国税的业务，两家是各自独立，互不干涉，做为承担侦办涉税案件的中立机构公安部门却要将两家涉税数额统一起来，而在具体协调运作时，却是很难统一，困难在于按照
最高人民法院《关于审理偷税抗税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第
三条之规定，某一税务机关（比如国税）要确定纳税人是否涉嫌偷税犯罪，不能仅就本部门所查实偷税数额和情节进行认定和移送，还必须取得另一税务机关（地税）出具该纳税人一个纳税年度内应缴纳的各税种的应纳税额、偷税额证明，但如果另一税务机关尚未对该纳税人进行同步调查或调查不全面，如何保证提供数据的及时、准确无误，而这些恰恰是偷税作为行政违法与刑事犯罪的分水岭，决定了该纳税人是否涉嫌偷税犯罪，税务机关能否正常移送的至关重要环节。无疑一定程度上影响和制约了涉税案件的认定和诉讼。对此已有诸多理论和来自实务界的学者提出了确定偷税比例是道难题的呼吁。
