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原来的上海证券中央登记结算公司（现为中国证券登记结算有限责任公司上海分公司）作为上海证券交易所的CSD，凡是在上海交易所上市的证券必须在上海登记结算公司存管。同时，由于上海登记结算公司直接管理成千上万的投资者证券帐户，对于投资者的证券实行直接托管，因此在投资者在持有关系上只有一个层次。投资者持有证券的方式更类似于直接持有方式，因为CSD（上海登记结算公司）允许投资者在CSD保有证券帐户，从而证券发行人可以容易地知道哪些人是其发行证券的投资者（上海登记结算公司按照与发行人的协议，可以直接根据投资者在登记结算公司的帐户向发行人提供投资者名录），投资者的所有者权益体现是其名字出现在发行人的投资者登记簿上，而不需要证券公司等中介的帐户来证明。
原深圳证券登记结算公司（现中国证券登记结算有限责任公司深圳分公司）作为深圳证券交易所的CSD，其清算和登记职能经过了一些变化。深圳证券交易所在1996年以前实行集中清算和分布式登记的模式，登记公司只负责深圳当地投资者的证券登记，全国各地投资者的证券登记和帐户管理由各地的地方登记机构负责，深圳登记公司也不负有中央托管的职能，投资者持有证券的托管工作由其开户的证券商负责。从投资者与证券商的证券托管关系来看，具有一些证券间接持有方式的特点，但是不进行中央托管使得间接持有成了无源之水。1996年5月后，深圳证券登记公司作法有所变化，同时管理证券商证券总帐以及证券商属下投资者的明细帐，因此趋向于证券直接持有体系的特征。但是，虽然深圳登记公司直接保有投资者帐户，也保留了券商托管制度，仍然由券商而不是深圳登记公司对投资者的证券进行托管，因而投资者只能在其托管商处买卖证券，又具有间接持有方式的某些特征。
2001年底，中国证券登记结算业务的集中统一已经迈出实质性的一步。自2001年10月1日起，上海证券中央登记结算公司和深圳证券登记有限公司从事的证券登记结算业务均由中国证券登记结算有限责任公司承接，上海证券中央登记结算公司和深圳证券登记有限公司依法定程序注销。创建全国集中统一的证券登记结算体系，不仅是证券市场规范化发展的需要，也是在证券市场逐步对外开放的环境下进一步防范和化解市场风险的需要，这标志着我国证券市场向规范化建设方面迈出了重要一步。
相对于前文所述的两种典型的证券持有体系来说，我国的证券持有体系处于一种中间状态，更趋向于直接持有方式，与在发达国家和国际证券市场上的运用较多的间接持有方式有一定的区别，也存在一些不足指出：例如，还没有实现证券结算系统的银货对付（DVP）模式；整体结算效率不高；CSD参与人主体错位、职责不清,缺乏健全参与人管理制度，不能适应将来证券市场国际化的趋势；同时，证券结算和托管方面的法规还有待健全完善等。
不过，随着我国证券市场的结算系统不断改进,上海、深圳两大证券结算系统由原先清算规则、流程大相径庭也逐渐走向结算体制趋同,呈现出“中央登记,二级托管”的证券存管特点,在结算技术和系统设施方面也取得了长足的发展。
随着国内证券市场的规模发展、对国外投资者的开放程度扩大和国际化程度提高，我国在证券托管方式和投资者证券持有方式上逐渐与国际主要方式趋同，这将是一个不可避免的发展方向，因为这是金融市场的全球化和证券市场的国际化的一种内在需要。
三、 间接持有证券权益性质的比较法研究
传统的证券直接持有方式下，投资者都是以自己的名义拥有证券，享有权利。按照传统的物权原理，证券权益的性质和界定在法律上是比较清晰的：投资者对自己名义持有的证券，依法享有直接的所有权权益。
但是，在证券间接持有体系的情况下，由于分级和多层名义持有的结构性质，使得投资者对于证券的权益在法律关系上不再如以前那样简单明了。
虽然从道理上讲，投资者既然出钱购买了某种证券，那么理所当然应当拥有对于证券的拥有、使用、收益和处分的权利，不应当有所欠缺，但是鉴于间接持有体系的自身特点――投资者将证券存托在中介机构后，中介机构对于证券的持有是在混同的（commingled）和可互替代的（fungible）的基础上，以自己的名义在上层中介处持有，在证券发行人名簿上没有投资者的名字记录――若仍依据在直接持有方式时确定证券权益的法律原则，就将使得投资者对于其投资的那一部分证券即无法向中介机构主张返还，也无法依据传统所有权理论来确认自己的所有权权益。因为，不论根据大陆法还是普通法的理论，不能区分的同种物的混同将对原有的所有权形态产生影响，例如我国台湾地区民法第八百十三条规定“动产与他人之动产混合，不能识别或识别需费过巨者，准用前条之规定（共有合成物或者主物所有者取得所有权）”；在财产托管的情形下，存托财产在混同后将导致存托人不再对存托财产享有直接的和单独的所有权权益，转而享有某种债权或者是共有权，这对传统的投资人享有的证券权益的性质产生影响。
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